Uit een onderzoek naar excellente VWO-leerlingen blijkt dat deze leerlingen minder vaak op een Amsterdamse universiteit zitten. Vooral technische universiteiten en universiteiten met een bèta profiel weten de top 20 procent excellente Nederlandse VWO-leerlingen aan te trekken. Ook blijkt uit het oordeel van de Keuzegids24 van 2013 dat Amsterdamse universiteiten lager scoren dan gemiddeld, zowel op bachelor- als op masterniveau. De UvA en de VU bachelorstudies hebben beide de laagste totaalscore onder alle Nederlandse universiteiten: 52 punten tegenover de gemiddelde 63 punten. Ook op masterniveau staan de UvA en de VU op de twee onderste plaatsen: 54,5 en 54 punten respectievelijk.

Aan de andere kant zijn er regelmatig berichten over behaalde goede resultaten op ranglijsten van Amsterdamse universiteiten. Zo behoren de UvA en de VU in de Academic Ranking of World Universities, ook wel de Shanghai ranking genoemd, samen met nog vijf andere Nederlandse universiteiten tot de 150 beste instellingen wereldwijd. 4 De VU staat in de top 100 op het gebied van levens- en landbouwwetenschappen en sociale wetenschappen. De UvA staat 43e op het gebied van klinische geneeskunde en farmacie en 50e op het gebied van sociale wetenschappen.